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かつて、この国で忍者たちによる大きな戦いがあった。
生き残った甲賀、伊賀、風魔、雑賀の4つのクランは、それぞれが巨大な力を持つと言われる〈クリプト絵巻〉
を持つことで、互いの均衡を保っていた。
時は流れ、現代。
舞台は普通の街〈甲賀シティ〉
人々は忍者の存在を忘れていた。
甲賀忍者の〈咲耶〉は、忍者なのにとにかく目立ちたい！
友達の〈ネム〉、〈シャオラン〉と共に、〈忍ばない毎日〉を過ごしていた。
ある日、風魔のクリプト絵巻が何者かに奪われ、4つのクランによる戦乱が再び勃発。
咲耶、 ネム、シャオラン も戦いに巻き込まれてしまう。
現代をゆるく生きてきた3人は、戦乱の世を生き抜くことができるのかーー。