120年前、貧しい農家に生まれた山部呼六(綾野剛・二役)という男がいた。彼は、独学で医師になり、富嶽伝染病研究所で細菌の研究を続ける医学博士・研太郎(斎藤工)に弟子入りする。呼六は、患者のために研究所の周りにある農地で野菜を作ろうと考え、地主の娘・サキ(二階堂ふみ)と出会う。一方、研太郎は密かに、世界中の菌類を集め培養し交配させて新しい菌を生み出そうとしていた。それは、不老不死の研究であったが…。